ייתכן שחלק מהמתאן הופק בתהליכים אנאורגניים. המקור המקורי לפחמן של כדור הארץ היה הפסולת הקוסמית שממנה נוצר כוכב הלכת. אם מטאוריטים מייצגים את הפסולת הזו, הפחמן יכול היה להיות מסופק בריכוזים גבוהים יחסית כמו פחמימנים, כמו שנמצאים בסוג הכונדריט הפחמני של מטאוריטים. ייתכן שהגז מתמשך של פחמימנים אלה מתרחש מתוך כדור הארץ, וייתכן שחלקם הצטברו כמרבצי גז אביוגניים מבלי שעברו דרך שלב אורגני. עם זאת, במקרה של פליטת גז נרחבת, סביר להניח שגז אביוגני יהיה מפוזר מכדי שיהיה עניין מסחרי. הצטברויות משמעותיות של מתאן אנאורגני טרם נמצאו.
ההליום וחלק מהארגון המצוי בגז טבעי הם תוצרים של פירוק רדיואקטיבי טבעי. הליום נובע מרדיואיזוטופים של תוריום ומשפחת האורניום, וארגון נובע מאשלגן. זה כנראה מקרי שהליום וארגון מתרחשים לפעמים עם גז טבעי; ככל הנראה, הגזים שאינם קשורים פשוט נלכדו באותה מלכודת.
